Fuentes sinh tại Thành phố Panama; cha mẹ ông là những nhà ngoại giao Mexico. Thời nhỏ, ông sống ở Quito, Montevideo, Rio de Janeiro, Washington, Santiago và Buenos Aires. Vào thời niên thiếu, ông quay về Mexico và sống ở đó cho đến năm 1965. Ông đã kết hôn với ngôi sao điện ảnh Rita Macedo và họ đã sống với nhau từ năm 1959 đến năm 1973, họ đã ly hôn khi Fuentes chạy theo một ký dã đang mang thai và không nổi tiếng vào thời điểm đó, đó là Silvia Lemus. Ông và cô ký giả này kết hôn tại Paris năm 1976. Rita đã tự vẫn năm 1993.

Ông cũng theo nghề bố mẹ làm nhà ngoại giao năm 1965 và làm đại sứ tại London, Paris và nhiều thủ đô khác nữa. Năm 1978, ông từ chức đại sứ tại Pháp để chống lại quyết định bổ nhiệm Gustavo Diaz Ordaz, cựu tổng thống Mexico, khi ông này được bổ nhiệm làm đại sứ tại Tây Ban Nha. Ông cũng đã giảng dạy tại Brown, Princeton, Harvard, Penn, George Mason, Columbia và Cambridge. Hiện ông đang giảng tại đại học Brown. Ông cũng là bạn của nhà xã hội học Mỹ,C. Wright Mills, người mà ông đã viết riêng cuốn sách tặng có tựa The Death of Artemio Cruz.

Ông có ba con, chỉ có một trong số đó còn sống.